В «Венеции» Альваро Рекоба играл блестяще, а одиннадцать забитых голов и девять отданных голевых передач полузащитника в девятнадцати сыгранных матчах позволили клубу сохранить место в элитном итальянском футбольном дивизионе.

После возвращения из аренды из «Венеции» Альваро Рекоба провел два успешных сезона в «Интере». В сезоне 1999/2000-го года уругвайский полузащитник сыграл двадцать семь матчей и забил в них десять голов, а в сезоне 2000/2001-го года принял участие в двадцати девяти матчах своего клуба и забил в них восемь голов. Альваро Рекобы стал настоящим лидером своего клуба и лучшим бомбардиром «Интера».
Неимоверная скорость футболиста, потрясающий и сильнейший удар с левой ноги и отличный дриблинг уругвайца наводили ужас на соперников «Интера». В 2001-ом году у Альваро Рекоба заканчивался контракт с миланским клубом, но футболист все не подписывал новое соглашение. Причиной того был агент «Китайца» Пако Казаль, который требовал от президента «черно-синих» Массимо Моратти повышения зарплаты для своего клиента.
Президент «Интера» отказывался платить уругвайскому полузащитнику зарплату в восемь миллионов долларов в год, называя такую сумму откровенным грабежом клубной казны. Но Пако Казаль в ультимативном порядке обещал заключить контракт уругвайца с «Барселоной», если его требования по повышению зарплаты не будут выполнены. В итоге Массимо Моратти был вынужден уступить и Альваро Рекоба стал самым высокооплачиваемым футболистом мира на тот момент. При этом сам футболист был очень рад остаться в «Интере» и заявил, что теперь его задача - отработать те деньги, которые ему платит клуб.
Но вскоре с именем Рекобы, а также других известных южноамериканских футболистов произошел громкий скандал в итальянском футболе. Чтобы не считаться легионером и не попадать под жесткий лимит, футболисты получали двойное гражданство и второй паспорт. Но после проверки оказалось, что паспорт уругвайского полузащитника, а также документы Роберто Айяла, Кафу, Хосе Антонио Шамота, Дида, Матиаса Алмейда, Хуана Себастьяна Верона являются подделками. Только Хуан Себастьян Верон смог доказать, что его бабушка была итальянкой, а остальные футболисты были оштрафованы и дисквалифицированы на разное время. «Интер» был оштрафован на миллион пятьсот тысяч долларов, спортивный директор команды Леле Ориали, а также генеральный менеджер миланцев Ринальдо Гельфи были временно отстранены от исполнения своих обязанностей. Сам Альваро Рекоба получил годичную дисквалификацию, которая была сокращена вдвое после апелляции, которую подал клуб.
На футбольное поле, отбыв дисквалификацию, Альваро Рекоба вышел только в декабре 2001-го года. Этот сезон стал не только неудачным для уругвайского полузащитника, но и для всей «черно-синей» команды. «Интер» лидировал практически всю концовку чемпионата и имел все шансы завоевать четырнадцатое чемпионство в своей истории. Но в последнем туре миланцы играли в Риме с «Лацио» на «Стадио Олимпико» и проиграли этот матч со счетом два – четыре. В результате «Интер» не только уступил чемпионское звание «Юветусу», но и занял только третье место, пропустив и столичную «Рому», которая в результате заняла второе место.
В сезоне 2002/2003-го года аргентинский наставник «Интера» Эктор Купер довольно часто ставил уругвайца в стартовый состав, но Альваро Рекоба не оправдывал оказанного ему доверия. Футболист часто травмировался, а сам клуб находился на грани финансового кризиса. Поэтому игроки команды с самыми большими зарплатами - Роналдо, Альваро Рекоба и Кристиан Виери согласились на двадцатипроцентное уменьшение своих доходов.
В 2005-ом году «Интер» возглавил Роберто Манчини. При новом тренере Альваро Рекоба потерял место в стартовом составе команды и мог рассчитывать только на появление в матче со скамейки запасных. Несмотря на это, уругвайский полузащитник заключил новый контракт с «Интером». И хотя «Китаец» становился в 2006-ом и 2007-ом году Чемпионом Италии, а в 2005-ом и 2006-ом завоевывал Кубок Италии, было понятно, что карьера футболиста в миланском клубе подходит к своему концу.