Военные действия между федеральной армией и войсками Биафры начались 6 июля 1967 г. 30 месяцев длилась тяжелая междоусобная война, в ходе которой погибли сотни тысяч людей. Оджукву получал помощь от португальских колонизаторов и расистов ЮАР, его поддерживали империалистические круги ряда западных государств, стремившиеся помешать появлению и утверждению в Западной Африке единой Нигерии.
Однако национально-патриотические силы Нигерии сумели отстоять территориальную целостность государства. На стороне этих сил была почти вся независимая Африка, страны социалистического содружества, мировая прогрессивная общественность. 15 января 1970 г. мятежные войска капитулировали.
Федеральное военное правительство уже в 1970 г. выдвинуло программу, реализация которой позволила бы вернуться в 1976 г. к гражданскому правлению. Программа предусматривала осуществление национального плана развития и возмещения ущерба, нанесенного войной, подготовку и принятие новой конституции, проведение переписи населения, дальнейшее совершенствование административной структуры, искоренение коррупции, создание подлинно национальных политических партий и т. д.
Добившись определенных успехов в восстановлении районов, ставших ареной военных действий, и обеспечив относительную политическую стабильность благодаря проведению политики национального примирения, правительство Я. Говона, однако, отказалось от дальнейшей реализации этой программы.Неслыханные масштабы коррупции, безудержный рост цен, неспособность властей радикальным образом решить назревшие проблемы вызвали возмущение всех слоев населения. 29 июля 1975 г. в стране произошел государственный переворот, в результате которого к власти пришла группа патриотически настроенных военных во главе с М. Мухаммедом.
Новое правительство выдвинуло программу постепенного перехода страны к гражданскому правлению. В феврале 1976 г. была проведена реформа, в результате которой количество штатов было доведено до 19. Началась борьба с коррупцией. Правительство взяло курс на установление контроля над иностранным капиталом в Нигерии. Эти шаги нового руководства получили поддержку широких слоев населения, но вместе с тем вызвали недовольство кругов, связанных с коррумпированной верхушкой при прежнем режиме.
13 февраля 1976 г. группа реакционно настроенных офицеров предприняла попытку совершить переворот. Заговорщикам удалось убить главу государства и правительства, однако они не располагали сколько-нибудь серьезной поддержкой в армии, и мятеж был быстро ликвидирован.
Новый глава государства продолжил курс на укрепление единства страны, проведение экономических преобразований, а также мероприятий по подготовке страны к гражданскому правлению.
7 октября 1976 г. был обнародован и передан на всенародное обсуждение проект Конституции Федеративной Республики Нигерии. В ноябре—декабре 1976 г. проведены выборы в местные органы власти. В конце сентября 1978 г. было отменено чрезвычайное положение и разрешена деятельность политических партий. 1 октября вступила в силу новая конституция. Она гарантирует основные права граждан, в ней содержатся положения, определяющие внутреннюю и внешнюю политику Нигерии.
В соответствии с новой конституцией исполнительная власть должна принадлежать президенту, избираемому на 4 года всеобщим голосованием, а законодательная власть — Национальному собранию, состоящему из двух палат.