На большей части территории Нигерии климат экваториально-муссонный. При сравнении карт годовых осадков и растительности видно, что зона лесов получает наибольшее количество осадков — от 1500 до 3000 мм в год (в дельте р. Нигер и на юго-востоке страны выпадает более 4000 мм). В зоне саванн количество осадков уменьшается с юга на север. В центральной части выпадает 1000—1400 мм (на плато Джое — более 1500 мм), а на крайнем северо-востоке — всего 500 мм.
Летом с Атлантического океана в сторону Сахары дуют влажные юго-западные муссоны. В это время над раскаленными песками пустыни образуется зона низкого давления. Наступает влажный сезон. На юге в целом он длится восемь и более месяцев, но в узкой полосе побережья влажно и жарко круглый год.
Зимой, когда над Сахарой устанавливается высокое давление, из пустыни приходит сухой горячий ветер харматтан, приносящий пыль и зной. Наступает сухой сезон, который длится шесть и более месяцев в северной части страны и четыре-пять — в центральной и южной частях.
Средние годовые температуры повсюду превышают 25°. На севере самые жаркие месяцы — март—июнь, на юге — февраль —апрель со средней максимальной температурой 30—32°; в дождливый сезон температура несколько понижается. Август — самый дождливый и потому наименее жаркий месяц. Суточные колебания температур значительно больше годовых и месячных. Особенно велики они на севере страны в период харматтана, когда днем стоит нестерпимая жара (более 40°), а ночью становится холодно (менее 10°).
Люди тяжело переносят сухой сезон. Слизистая оболочка носа и гортани пересыхает, трескаются губы, пыль проникает в глаза и рот. Иногда случаются вспышки цереброспинального менингита, уносящего и калечащего многие человеческие жизни.
Харматтан наносит большой ущерб сельскому хозяйству. Нередко он губит посадки культурных растений. Исключительная сухость воздуха приводит к сильному испарению почвенной влаги, поэтому на поверхности почвы образуются плотные корки, которые затрудняют ее обработку.
Такие корки с трудом разбиваются мотыгой — пока еще основным земледельческим орудием нигерийского крестьянина. Зато, прорываясь на один- два дня к побережью, харматтан приносит большое облегчение людям, страдающим здесь от чрезмерной влажности. Поэтому-то здесь и называют его «доктором». Засуха в сахеле В период смены сезонов случаются непродолжительные сильные ливни. За день до ливня ярко-синее небо затягивается черными низкими тучами.
Непрерывные вспышки молний сопровождаются мощными раскатами грома, слышными за 20—30 км. Особенно сильными ливни бывают в северной части страны, где их называют «гадари». Они нередко приносят большие бедствия: вырывают с корнем деревья, размывают дороги; резкое понижение температуры (на 10° и более) часто приводит к простудным заболеваниям.