Провел ряд прогрессивных реформ, в том числе осуществил секуляризацию церковных земель, провозгласил свободу вероисповедания, содействовал развитию промышленности и торговли, строительству школ. 

Франсиско Морсан родился в Гондурасе в семье креола, выходца с французских Антильских островов. Лидер либеральной партии в федерации Соединенных провинций Центральной Америки.

В 1828-29 возглавляемая Морасаном армия свергла консервативные правительства в Гондурасе, Сальвадоре, Гватемале и способствовала приходу к власти в этих странах либералов.

В 1830 был избран президентом федерации. Провел ряд прогрессивных реформ, в том числе осуществил секуляризацию церковных земель, провозгласил свободу вероисповедания, содействовал развитию промышленности и торговли, строительству школ.

В 1838 консерваторы подняли восстание против Франсиско Морасана и в 1839 добились распада федерации.

В 1840 Морасан бежал за границу, жил в Новой Гранаде (территория современной Панамы), Перу.

В 1842 предпринял попытку восстановления федерации и во главе армии вторгся в Коста-Рику, но потерпел поражение, был арестован и 15 сентября 1842 расстрелян.