Также список редких обитателей Наурзумского заповедника доволняют хвощ зимний, белозор болотный, черёмуха обыкновенная, осока двухтычинковая, пушица стройная и другие.
Большая значимость и у сосновых лесов Наурзумского бора, которые признаны реликтовыми, они сохранились в малоизменённом виде с третичного или начала четвертичного периода. Эти леса стали домом для 5 эндемичных видов - это берёза киргизская, астрагал Кустанайский, астрагал Нины, тимьян казахстанский, льнянка длинноплодная. Также в сосновом бору можно встретить и реликты, как то: ковыль перистый, чий блестящий, тонконог жестколистый, кувшинка белая, селитрянка Шобера.
Животный мир заповедника включает 44 видов млекопитающих, 282 вида птиц, 3 вида пресмыкающихся и 3 земноводных, 10 видов рыб. Наиболее полно изучена орнитофауна заповедника, которая насчитывает 158 видов только гнездящиеся птиц. Обыкновенными жителями данной местности являются чёрный жаворонок, полевой конёк, полевой и белокрылый жаворонки, обыкновенная каменка, кречетка, журавль-красавка, стрепет, степной лунь, степной орёл, черноголовый чекан, бормотушка, жёлтая трясогузка, сорокопут жулан, перепел, луговой лунь, серая куропатка, большой кроншнеп, большой пёстрый дятел, вяхирь, тетерев, лазоревка белая, обыкновенная горихвостка, лесной конёк и другие.
Из хищников на территории Наурзумского заповедника гнездятся 18 видов: луни — степной, луговой и болотный; орлы — беркут, могильник и степной; соколы — балобан, чеглок, дербник, обыкновенная и степная пустельги и кобчик; орлан-белохвост, обыкновенный канюк, курганник, чёрный коршун, ястребы — перепелятник и тетеревятник.
Из водоплавающих и водно-болотных птиц распространены лысуха, красноголовый нырок, шилохвость, кряква, серая утка, широконоска, чирок-трескунок, поганки большая и серощёкая, серебристая, озёрная, сизая и малая чайки, речная, белокрылая, чёрная крачка, а также кулики: большой кроншнеп, большой веретенник, шилоклювка, ходулочник, чибис, травник, поручейник, степная тиркушка, изредка встречаются кулик сорока, малый зуёк.
В последнее десятилетие 20 века в заповеднике появились большая белая цапля, кудрявые и розовые пеликаны. Из всего этого пернатого великолепия символом заповедника выбран лебедь-шипун.
Среди животных наиболее обычны лось, косуля, кабан и сурок, волк, лисица, корсак, рысь, степной хорь, горностай,барсуки, ласка, очень много в степях грызунов (степной сурок-байбак, суслик песчаник, большой суслик, малый суслик, хомяк, степная мышовка, полевки, хомячки). В лесных чащах встречаются обыкновенная белка, обыкновенный ёж, заяц беляк, барсук, горностай, ласка, отмечены лесная куница и енотовидная собака.
Ихтиофауна Наурзумского заповедника может похвастаться карасями, гольянами, линями, окунями, щуками, плотвой.