Государственный заповедник Аксу-Жабаглы распростёр свои границы на северо-западной оконечности хребта Таласский Алатау в Западном Тянь-Шане. Склоны хребтов Жабаглытау, Таласский, Алатау и Угамский, которые находятся на высоте 1300-1600 м над уровнем моря, являются северо-западной границей заповедника, Таласский и Угамский хребты - южно-западной границей.
Вся территория заповедника Аксу-Жабаглы расположена на следующих высотах: от 1300 до 4200 м над уровнем моря, общая площадь заповедника равна 74,4 тыс. га. Решение об организации на этих землях заповедника было принято в 1926 году, заповедник Аксу-Жабаглы стал первым заповедником, созданным в Казахстане и Средней Азии.
Территория заповедника находится в зоне умеренно континентального климата. Средние температуры самого холодного месяца января и самого тёплого августа –5,4C и 21C соответственно. Температурный минимум и максимум находятся в точках –34C и +37C. Максимум (70%) осадков здесь приходится на зимне-весеннее время и минимумом (30%) на летнее.
Название заповеднику дано от названий двух речек (Аксу и Жабаглы), в верховьях которых и образовался этот могучий горный узел, хребет Западного Тянь-Шаня, с высотой до 4000 м над уровнем моря. Заповедник растянулся на целых 740 кв. км., самым охраняемым участком здесь является уникальный каньон реки Аксу, протяжённость которого 18 км. В заповеднике ведётся работа по присоединению к его территории ещё и северных склонов хребта Жабаглытау до подножий, а также ущелья Карасай и Аксай. Эти зоны интересны в первую очередь тем, что осенью, весной и зимой они превращаются в пастбища архаров, места окота и укрытий самок с молодняком.
Ландшафт заповедника Аксу-Жабаглы представлен следующими формациями: низкогорные степи, лугостепные арчовники, субальпийская и альпийская растительность. Лесной покров заповедника полностью защищён от вырубки. На горных склонах заповедника Аксу-Жабаглы произрастают даже можжевеловые леса. Значительна численность горных озёр (Кызылжар, Кызылкенкол, Айнакол, Оймак, Томпак и Коксаккол) и рек (Аксу и Жабаглы, Балдыберек, Сильбили, Улкен, Киши Кайынды и Сопаккол) тна территории заповедника.
Растительный мир заповедника Аксу-Жабаглы представлен 1400 видами сосудистых растений, наиболее полно представленными на территории заповедника родами являются: астрагал, остролодочник, кузиния, лук, осока, мелколепестник, вероника, лапчатка и гусиный лук и другие. Из всего многообразия флоры заповедника редкими и эндемичными растениями на его территории является порядка 300 видов.
Среди реликтов заповедника Аксу-Жабаглы выделяются горец дубильный, ива Карелина, каркас кавказский, клён Семёнова и др. Под охраной Красных книг находятся многие жители заповедника, как то, адиант венерин волос, безвременник жёлтый, лук пскемский, можжевельник зеравшанский, иридодиктиум Колпаковского, тюльпан Кауфмана, унгерния Северцова, юнона голубая и др.
В состав флоры Аксу-Жабаглского заповедника входят и множество лекарственных трав и растений, это в первую очередь растения, чьи излечивающие способности подтверждены медициной, среди них анафалис кистеносный, безвременник
жёлтый, бибирштейния, борец круглолстный, зверобой пронзенный, тысячелистник, облепиха, эминиум Регеля, зизифоры, шалфей мускатный, эфедра хвощевая, и др. Своей красотой далеко за пределами заповедника известен его типичный житель - гигантского тюльпана Грейга Этот цветок стал эмблемой заповедника.
Животный мир заповедника уникален тем, что включает в себя виды, типичные для совершенно других регионов. Млекопитающих на территории заповедника Аксу-Жабаглы насчитали всего 42 вида, среди них наиболее часто встречаются хищные и парнокопытные животные: архар, тянь-шанский бурый медведь, ирбис, сибирский горный козел или на местном языке тау-теке, снежный барс. Отдельно стоит сказать о кабане, марале и косули - эти копытные обитают исключительно в горно-лесном поясе заповедника.
Касательно медведей, на территории заповедника их насчитано около 100 особей, что считается весьма хорошим показателем, для краснокнижного вида. Множество животных уже давно не встречали на территории заповедника, к таким относятся краснокнижные туркестанская рысь, красный волк, каменная куница, сурок Мензбира. В малой численности и не повсеместно обитают красная пищуха и заяц-толай, ушастый ёж и малая белозубка.