Чуть выше отметки 1800 м над уровнем моря начинаются лесные зоны ели Шренка, луговые участки с богатым травостоем и крупнокаменистые осыпи. В пределах 2700-3100 м над уровнем моря находится субальпийский пояс, его представляют разнотравные луга. Альпийский пояс до 3400 м образуют кобрезиевые луга и разнотравно-кобрезиевые лужайки. А на самой горной верхушке простираются скально-осыпные ландшафты с покровом из снега и льда.
Климатические условия на территории Алматинского заповедника полностью отвечают закону вертикальной поясности. Среднегодовые показатели температуры воздуха здесь колеблются в пределах от 8,9°С в предгорьях до 1,5°С на высоте 3000 м. Этот климат накладывается большие отпечатки на зиму: здесь часты дневные радиационные оттепели.
Снег окутывает территорию заповедника где-то 3 месяца, а где-то и все 7. Осадки также распределены по высотам, наибольшее число осадков за год приходится на зону от 1500 до 2300 м над уровнем моря. Так, в предгорьях среднегодовое количество осадков составляет 555 мм, на высотах 1600-2200 м -840-880 мм, 2500-3000 м - всего 735-750 мм.
Растительный мир заповедника весьма и весьма интересен. В общей сложности известно о произрастании в границах Алматинского заповедника около 1100 видов высших сосудистых растений, из них являются редкими около 50 видов, а в Красную книгу занесены 26 видов. К последним относятся абрикос, курчавка Мушкетова, яблоня Недзвецкого, яблоня Сиверса, тюльпаны Колпаковского и Островского, гимноспермиум алтайский, каркас кавказский, ирис Альберта и иридодиктиум Колпаковского, адонисы — золотистый и тянь-шаньский, кортуза Семёнова, хохлатка Семёнова, ревень Виттрока, желтушник оранжевый, остролодочник алма-атинский. Научными сотрудниками заповедника отмечены чрезвычайно редкие виды, как то: сибирка тянь-шаньская, соссюрея обвёрнутая, колючая шмальгаузения, пастернаковник ледниковый и наголоватка алма-атинская, смородина Янчевского, ястребинка кумбельская, вероника алатавская и другие.
Чрезвычайно велика группа лекарственных растений заповедника: хвощ полевой, солодка уральская, жостер слабительный, хмель, шиповники, зверобой продырявленный, мать-и-мачеха, пустырник туркестанский, девясил высокий, тысячелистник обыкновенный, душица обыкновенная, патриния средняя, кодонопсис ломоносовый, иван-чай узколистный, борец джунгарский, чистотел, живокость илийская и т. д.
Животный мир заповедника Алматинский не менее богат. На сегодняшний день можно говорить о проживании здесь 135 видов бабочек, 252 вида жужелиц, 102 вида листоедов, 11О видов пчелиных, 33 вида муравьёв, 97 видов роющих ос. Одним словом, видовая численность насекомых в заповеднике приближается к 6 тысячам, правда, краснокнижными из них являются всего 12: стрекозы - булавобрюх заметный, дозорщик-император, красотка девушка; жуки - красотел Семенова, хилокорус двуточечный, точечная коровка, корнеед большой; прямокрылые - дыбка степная; равнокрылые -носатка Якобсона; дневные бабочки-парусники -бедромиус и патриций, желтушка Ершова и голубянка Татьяны.
Остальные группы животные представлены в заповеднике в следующем количестве: рыбы - 3 вида, земноводные - 2, пресмыкающиеся - 6, птицы - 172 и млекопитающие - 72. Более детально, то ихтиофауна Алматинского заповедника представлена гольцом Штрауха, голым и чешуйчатым османом.
Из земноводных распространены зелёная жаба и озёрная лягушка. Из пресмыкающихся известны ящерица - алайский гологлаз и ядовитая змея -щитомордник, узорчатый полоз, степная гадюка, обыкновенный и водяной уж.
Орнитофауна Алматинского заповедника населена синими птицами, обыкновенными и бурыми оляпками, куликами, маскированными и горными трясогузками, перепелами, коростелями, чеканами, горными коньками, гималайскими вьюрками, горлицами, кукушками, ушастыми совами, дерябами, чёрными дроздами, большими синицами, сороками, сычами, ястребиными совами, крапивниками, кедровками, голубями, московками, пищухами, галками. Под охраной Красной книги Казахстана находятся 10 видов пернатых: беркут, бородач, кумай, чёрный аист, орёл-карлик, шахин, серпоклюв, синяя птица, филин.
Также обитателями животного мира заповедника являются каменная куница, мышевидные грызуны, белка-телеутка, серые сурки, лесная соня, зайцы-толаи, барсуки, косули, маралы, медведи, рысь и другие. В Алматинском заповеднике чрезвычайно много мест, где получаешь наслаждение от простого созерцания.
О стране
