Алматинский заповедник официально начал свою охранную и научную деятельность 15 мая 1931 г. под названием Мало-Алма-Атинский заповедник. Тогда его границы заключали в себе всего лишь 15000 га. Первое увеличение заповедной площади произошло в 1935 г., после в распоряжении заповедника было уже 40000 га, ещё позже территорию расширили до 856680 га и дали новое название самому заповеднику - Алма-Атинский.
Таким образом в начале 40-ых гг 20 века в заповедник входили следующие земли: бассейн Малой Алмаатинки, Жаланашская и Согетинская долины с прилегающими горами. На протяжении всего десятилетия земли заповедника раздавались различным организациям, в результате чего в 1951 г. заповедник был ликвидирован.
Второе рождение Алматинского заповедника произошло 31 июля 1961 г., правда, прописка заповедника немного изменилась, теперь его организовали на территории Чиликской, Табанкарагайской и Таучиликской лесных дач. В 1964 г.территорией заповедника сделали бассейны рек Иссык и Талгар, на этом месте мы найдём заповедник и сегодня. Здесь ведётся детальная и скрупулёзная работа, направленная на сохранение природных комплексов центральной части Заилийского Алатау. Общая площадь заповедных земель равняется 71 700 га.
Заилийский Алатау - хребет, являющийся главным географическим объектом в заповеднике. Этот хребет лежит на севере горной системы Тянь-Шань. Максимальная высота (4979 м над уровнем моря) хребта отмечается в его центральной части, на пике Талгар одноимённого горного узла. Остальная территория Хребта Заилийский Алатау представляет собой более-менее равномерное распределение высот. Правда, существует на хребте и два значительных по размерам отрога, которые образуют водоразделы рек.
Наиболее значительными реками на территории заповедника являются Юго-Восточный, Левый, Средний и Правый Талгары, а также Иссык и Южный Иссык. Все они относительно неглубокие (до 1 м) и не широкие (5-10 м), зато бурные, что в первую очередь обусловлено значительным перепадом высот. Нечеловеческую силу водного потока доказывают снесённые вниз по течению камни и валуны, источенные и дроблённые в песок скалы. Также на пути движения рек часто встречаются моренные и завальные озёра, это явление характерно для наиболее крупных речек, берущих своё начало в ледниках.
Так, самое внушительное по размерам озеро Музколь лежит у истоков реки Иссык (3600 м над уровнем моря). Средняя глубина этого озера - 25,5 м, а его площадь равняется 46300 кв.м. Правда, озеро Музколь не единственное озеро реки Иссык, по ходу движения реки можно обнаружить ещё несколько крупных озёр. Это Иссык и Акколь обвально-тектонического происхождения. Большая утрата произошла в 1963 году, когда мощный селевый поток прорвал естественную плотину и опустошил живописное горное озеро Иссык. Сегодня от озера остался только восточный залив, и к большой радости всех ценителей естественной природы, он постепенно наполняется.
Но не было бы на территории Алматинского заповедника столь много чудесных рек и озёр, если бы не множество ледников, дающих первым непрекращающуюся подпитку.
С северной стороны Заилийского Алатау насчитывается порядка 113 ледников, среди них наиболее внушительными размерами отличается Шокальский ледник, его длина около 5 км и находится этот ледовый великан в бассейне р. Средний Талгар. На юге хребта зафиксировано чуть меньше ледниковых образований - 86, из которых самыми крупными являются ледник Корженевского длиной около 12 км и ледник Богатырь длиной более 8 км.
На ряду с уникальными ледниковыми образованиями Алматинский заповедник таит в себе ещё множество интереснейших природных объектов, как то, самый большой (длиной до 3,5 км) глетчер Северного Тянь-Шаня, он находится в верховье урочища Прямая щель. Его неповторимость заключается в его скорости (несколько десятков сантиметров в год) и расположении (2400 м над уровнем моря). По-своему привлекательны и пульсирующие в заповеднике термальные источники с радоновыми и натриевыми водами, например, их много в районе подземных разломов бассейна р. Талгар (1850 м над ур. м.).
Низкогорные участки Алматинского заповедника в общей сложности заняты лесами, где доминантами являются березы, осины, яблони и абрикосы. Также здесь встречаются небольшие по площади зоны высокотравных лугов и заросли кустарников. Последние образованы преимущественно таволгой, шиповником, жимолостью и можжевельником казацким.