Незадолго до монгольского нашествия в Японию вако вели себя довольно тихо, что связано с усилившейся военной подготовкой в Корее: в 1251 и 1265, в частности, укрепили Гунцзюй. Сёгунат Камакура упрочил свою власть на Кюсю и теперь был куда более способен к мобилизации и управлению группами бывших вако, направленных на противостояние монголам. После монгольского нашествия сёгунат и Корея ослабли, что привело к новому усилению вако на морях. В 1223 году, к примеру, был совершён обширный налёт на провинцию Jeolla. Рейды, подобные этому, часто происходили вплоть до конца XIV века.
Период Нанбоку-тё
Вследствие того, что сильная и централизованная власть в Японии отсутствовала, в 1350 году вако возобновили свои набеги. Всю следующую половину столетия пираты, бывшие выходцами, в основном, из Ики (Iki) и Цусимы, «обрабатывали» южную половину Кореи. Пик активности вако пришёлся на десятилетие между 1376 и 1385 годами, когда в Корее было зарегистрировано не менее 174 случаев пиратских нападений и некоторые особо крупные банды насчитывали свыше трёх тысяч разбойников, проникая в самую глубь корейского государства.
Пираты нередко грабили и корейскую столицу Gaeseong, а как-то даже дошли до устья реки Тэдонган (Taedong) и области Пхеньян (Pyongyang), разграбив зерновые склады и уведя рабов, чтобы получить за них выкуп. В таких условиях, отягчающихся набегами вако, династия Корё пала в 1392 году. И тогда во власть выдвинулся генерал Yi Seonggye, который заслужил эту честь, добившись успеха в войне против вако.
Затем в 1375 году король Кореи возобновил сотрудничество с сёгунатом Муромати (Muromachi) через посланника сёгуна на Кюсю, которым был Имагава Рёсюн (Imagawa Ryōshun). В 1377 великий государственный деятель Jeong Mong-ju был тепло встречен Рёсюном, а несколько сотен пленных вако были возвращены в Японию. Однако Кюсю находился под сильным влиянием Южного двора и поэтому ни сёгунат, ни его представитель никак не могли справиться с пиратами, несмотря на данные обещания.
В 1381 году, например, сёгунат Муромати издал распоряжение, запрещающее «akutō» (то бишь «преступников», «банды» и различные «злые политические партии» (оппозицию, стало быть) пересекать моря до Кореи и «творить бесчинства». В 1389 и 1419 гг. корейцы напали на пиратские поселения на Цусиме и получили заверения от владетеля Цусимы, что набеги будут остановлены. Однако назвать эти заверения правдивыми крайне затруднительно.
Также вако проявляли активность и в Китае, где самый первый набег был зарегистрирован в 1302 году. Экономическое эмбарго, наложенное на Японию Цином (Qing) и позднее Мином, сделало контрабанду единственным способом обеспечить поступление китайских товаров. Торговля через королевство Рюкю была прикрыта Китаем и в итоге в 1609 году оно было захвачено Сацумой.
В 1358 и затем в 1368 набеги вако продолжались вдоль всего восточного побережья, но чаще всего пираты нападали на современный Шаньдун (Shandong). К концу династии Юань (Yuan) набеги вако стали ещё больше усиливаться, а первый рейд во времена династии Мин произошёл в 1369 году в провинции Чжэцзян (Zhejiang).
В ответ на действия пиратов, император Хунъу (Hongwu) направил своих командиров построить ряд фортов вдоль побережья, а также направил двоих посланников в Южный двор к принцу Канэнага (Kanenaga). Впервые Японии была предъявлена угроза вторжения, если она не приструнит своих вако.
Принца Канэёси (Kaneyoshi) требования Китая не впечатлили и он вернул посланца убитым, отказавшись параллельно от выполнения требований. Однако, когда в 1370 году прибыл второй посланник, принц подчинился и отправил на следующий год своих послов, с которыми впоследствии вернули более семидесяти мужчин и женщин, захваченных в Минчжоу (Mingzhou) и Тайчжоу (Taizhou).
Система выплаты дани династии Мин
В 1392 году Yi Seonggye (который впоследствии станет знаменит, как победитель вако) основал династию Чосон, сместив режим Корё (Goryeo) на Корейском полуострове. В том же году сёгуном Асикагой Ёсимицу (Ashikaga Yoshimitsu) был наконец разрешён конфликт между Северным и Южным дворами в Японии.
Фан Го Чжэнь (Fang Guozhen) и Чжан Ши Чэн (Zhang Shicheng), которые господствовали в районах Цзянсу (Jiangsu) и Чжэцзян (Zhejiang), создали на прибрежных островах несколько баз. Они были связаны с вако и, возможно, Ху Вэй Юн (Hu Weiyong) и Лю Сянь (Liu Xian) также были причастны к пиратскому восстанию.